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Porechop的无权限安装流程

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4 帖子 2 发布者 582 浏览
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  • fpengstudyF 离线
    fpengstudyF 离线
    fpengstudy
    写于 最后由 编辑
    #1

    最近在学习三代测序分析流程,查询到porechop是一款专门针对Nanopore去除接头的软件,查询到porechop需要g++4.9.1以上版本。但由于服务器没有root权限,使用了很多方法(包括conda)无法更新,想请问有什么方法可以让g++在自己设立的conda base 环境中升级

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    • k1995K 离线
      k1995K 离线
      k1995
      写于 最后由 编辑
      #2

      不使用root权限,使用conda install进行gcc升级 ,这个方法试了吗。

      另外考虑用 docker ?

      fpengstudyF 1 条回复 最后回复
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      • k1995K k1995

        不使用root权限,使用conda install进行gcc升级 ,这个方法试了吗。

        另外考虑用 docker ?

        fpengstudyF 离线
        fpengstudyF 离线
        fpengstudy
        写于 最后由 编辑
        #3

        @k1995 你好我试过了,我大概按照的以下这个方法进行的操作。但是按照这个流程操作后,我重启了conda环境也还是没有改变gcc的版本号😧

        conda install -c moussi gcc_impl_linux-64

        ln -s /share2/home/anconda3/envs/my_env/libexec/gcc/x86_64-conda_cos6-linux-gnu/7.3.0/gcc /share2/home/anaconda3/my_env/bin/gcc

        conda install gcc_linux-64
        conda deactivate
        conda activate my_en
        gcc -v
        ————————————————
        版权声明:本文为CSDN博主「循环是人递归是神」的原创文章,遵循CC 4.0 BY-SA版权协议,转载请附上原文出处链接及本声明。
        原文链接:https://blog.csdn.net/qq_35752161/article/details/111345572

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        • fpengstudyF 离线
          fpengstudyF 离线
          fpengstudy
          写于 最后由 编辑
          #4

          回复一下,porechop已经安装好啦!十分感谢大佬的回答,后续使用bioconda直接安装的,也可以正常使用,之前可能是有些别的什么原因导致不能安装吧。

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